| 1 | 64 | University of Tokyo / 東京大学 |  | 90 | 211 | 55 |
| 2 | 96 | Kyoto University / 京都大学 | | 133 | 148 | 150 |
| 3 | 196 | Osaka University / 大阪大学 | | 251 | 185 | 234 |
| 4 | 218 | Tohoku University / 東北大学 | | 286 | 196 | 237 |
| 5 | 282 | Nagoya University / 名古屋大学 | | 380 | 234 | 307 |
| 6 | 290 | Hokkaido University / 北海道大学 | | 294 | 338 | 379 |
| 7 | 303 | Kyushu University / 九州大学 | | 400 | 363 | 310 |
| 8 | 337 | Keio University / 慶応義塾大学 | | 212 | 744 | 495 |
| 9 | 344 | University of Tsukuba / 筑波大学 | | 352 | 471 | 442 |
| 10 | 366 | Tokyo Institute of Technology / 東京工業大学 | | 474 | 309 | 421 |
| 11 | 463 | Waseda University / 早稲田大学 | | 419 | 584 | 651 |
| 12 | 476 | Hiroshima University / 広島大学 | | 503 | 545 | 621 |
| 13 | 493 | Kobe University / 神戸大学 | | 567 | 561 | 604 |
| 14 | 689 | Okayama University / 岡山大学 | | 1095 | 670 | 716 |
| 15 | 770 | Kanazawa University / 金沢大学 | | 929 | 1117 | 904 |
| 16 | 812 | Kumamoto University / 熊本大学 | | 1047 | 1014 | 966 |
| 17 | 827 | Yokohama City University / 横浜市立大学 | | 882 | 2060 | 922 |
| 18 | 886 | Juntendo University / 順天堂大学 | | 1243 | 1094 | 1012 |
| 19 | 894 | Nihon University / 日本大学 | | 876 | 1118 | 1250 |
| 20 | 898 | Ritsumeikan University / 立命館大学 | | 593 | 1142 | 1526 |
| 21 | 905 | Shinshu University / 信州大学 | | 1421 | 1027 | 969 |
| 22 | 955 | Tokyo Medical and Dental University / 東京医科歯科大学 | | 1845 | 994 | 897 |
| 23 | 984 | Niigata University / 新潟大学 | | 1189 | 1195 | 1237 |
| 24 | 1009 | Nagasaki University / 長崎大学 | | 1425 | 1340 | 1127 |
| 25 | 1016 | Kindai University (Kinki University) / 近畿大学 | | 1659 | 782 | 1161 |
| 26 | 1017 | Tokyo University of Science / 東京理科大学 | | 1468 | 1068 | 1182 |
| 27 | 1043 | Osaka City University / 大阪市立大学 | | 1104 | 1855 | 1296 |
| 28 | 1061 | Tokyo Metropolitan University / 首都大学東京 | | 1824 | 1010 | 1153 |
| 29 | 1112 | Mie University / 三重大学 | | 984 | 1462 | 1637 |
| 30 | 1120 | Gifu University / 岐阜大学 | | 1526 | 1332 | 1328 |
| 31 | 1163 | Tottori University / 鳥取大学 | | 778 | 1974 | 1858 |
| 32 | 1175 | Tokai University / 東海大学 | | 1273 | 3220 | 1264 |
| 33 | 1183 | Japan Advanced Institute of Science & Technology / 北陸先端科学技術大学院大学 | | 633 | 1522 | 2246 |
| 34 | 1185 | Ehime University / 愛媛大学 | | 1550 | 1378 | 1464 |
| 35 | 1193 | Nara Institute of Science & Technology / 奈良先端科学技術大学院大学 | | 1652 | 1096 | 1502 |
| 36 | 1235 | Yamagata University / 山形大学 | | 1212 | 1733 | 1689 |
| 37 | 1252 | Osaka Prefecture University / 大阪府立大学 | | 1332 | 1464 | 1714 |
| 38 | 1252 | Kagoshima University / 鹿児島大学 | | 1569 | 1793 | 1495 |
| 39 | 1274 | University of Toyama / 富山大学 | | 1986 | 1582 | 1377 |
| 40 | 1277 | University of Tokushima / 徳島大学 | | 2030 | 1387 | 1403 |
| 41 | 1278 | Tokyo University of Agriculture and Technology / 東京農工大学 | | 2081 | 986 | 1475 |
| 42 | 1280 | Gunma University / 群馬大学 | | 1761 | 1299 | 1557 |
| 43 | 1291 | Yamaguchi University / 山口大学 | | 1282 | 2370 | 1639 |
| 44 | 1293 | Yokohama National University / 横浜国立大学 | | 1451 | 987 | 1867 |
| 45 | 1317 | Hirosaki University / 弘前大学 | | 1297 | 2330 | 1707 |
| 46 | 1318 | United Nations University / 国際連合大学 | | 333 | 1828 | 3104 |
| 47 | 1319 | University of Electro-Communications / 電気通信大学 | | 1510 | 1328 | 1798 |
| 48 | 1325 | Okinawa Institute of Science & Technology Graduate University / 沖縄科学技術大学院大学 | | 2174 | 908 | 1593 |
| 49 | 1348 | Kitasato University / 北里大学 | | 1753 | 2156 | 1564 |
| 50 | 1365 | Jichi Medical School / 自治医科大学 | | 2172 | 2509 | 1360 |
| 51 | 1391 | The Graduate University for Advanced Studies / 総合研究大学院大学 | | 1700 | 5504 | 1107 |
| 52 | 1402 | Fujita Health University / 藤田保健衛生大学 | | 2194 | 1786 | 1574 |
| 53 | 1416 | Chiba University / 千葉大学 | | 1156 | 7521 | 730 |
| 54 | 1430 | Toho University / 東邦大学 | | 1736 | 3570 | 1489 |
| 55 | 1447 | Kyushu Institute of Technology / 九州工業大学 | | 2103 | 1908 | 1642 |
| 56 | 1447 | University of Yamanashi / 山梨大学 | | 1988 | 1607 | 1764 |
| 57 | 1459 | Tokyo Women's Medical University / 東京女子医科大学 | | 2886 | 2008 | 1377 |
| 58 | 1466 | Teikyo University / 帝京大学 | | 2134 | 2833 | 1500 |
| 59 | 1471 | Nagoya City University / 名古屋市立大学 | | 2409 | 1747 | 1618 |
| 60 | 1485 | University of Ryukyus / 琉球大学 | | 1958 | 1686 | 1858 |
| 61 | 1502 | Rikkyo University / 立教大学 | | 894 | 2702 | 2503 |
| 62 | 1521 | Hosei University / 法政大学 | | 1036 | 2227 | 2481 |
| 63 | 1523 | Jikei University School of Medicine / 東京慈恵会医科大学 | | 2308 | 3197 | 1484 |
| 64 | 1556 | Kochi University / 高知大学 | | 1539 | 2390 | 2110 |
| 65 | 1566 | Showa University / 昭和大学 | | 2345 | 2362 | 1689 |
| 66 | 1572 | Tokyo Medical University / 東京医科大学 | | 2394 | 3985 | 1408 |
| 67 | 1578 | Meiji University / 明治大学 | | 1007 | 2116 | 2654 |
| 68 | 1589 | Saga University / 佐賀大学 | | 1964 | 2326 | 1915 |
| 69 | 1613 | Kyoto Prefectural University of Medicine / 京都府立医科大学 | | 3267 | 2646 | 1405 |
| 70 | 1623 | Fukuoka University / 福岡大学 | | 2389 | 2520 | 1757 |
| 71 | 1653 | Nagoya Institute of Technology / 名古屋工業大学 | | 2228 | 1498 | 2119 |
| 72 | 1707 | Shimane University / 島根大学 | | 2859 | 1821 | 1878 |
| 73 | 1710 | Doshisha University / 同志社大学 | | 1135 | 2268 | 2795 |
| 74 | 1724 | Nippon Medical School / 日本医科大学 | | 3829 | 2453 | 1480 |
| 75 | 1727 | Saitama University / 埼玉大学 | | 2441 | 1911 | 2095 |
| 76 | 1732 | Kagawa University / 香川大学 | | 2650 | 2582 | 1878 |
| 77 | 1772 | Chuo University / 中央大学 | | 1563 | 1589 | 2778 |
| 78 | 1786 | University of Miyazaki / 宮崎大学 | | 2292 | 2349 | 2181 |
| 79 | 1804 | Kwansei Gakuin University / 関西学院大学 | | 1606 | 1976 | 2721 |
| 80 | 1824 | University of Fukui / 福井大学 | | 1916 | 2139 | 2520 |
| 81 | 1861 | Kansai University / 関西大学 | | 1329 | 1868 | 3076 |
| 82 | 1900 | University of Shizuoka / 静岡県立大学 | | 4055 | 3569 | 1548 |
| 83 | 1927 | University of Aizu / 会津大学 | | 2598 | 2229 | 2369 |
| 84 | 1931 | Shibaura Institute of Technology / 芝浦工業大学 | | 2603 | 1896 | 2469 |
| 85 | 1931 | Nagaoka University of Technology / 長岡技術科学大学 | | 2096 | 2848 | 2481 |
| 86 | 1948 | Sophia University / 上智大学 | | 1503 | 2706 | 2943 |
| 87 | 1986 | Fukushima Medical University / 福島県立医科大学 | | 4807 | 2695 | 1647 |
| 88 | 2054 | Chubu University / 中部大学 | | 2176 | 2921 | 2694 |
| 89 | 2063 | Toyohashi University of Technology / 豊橋科学技術大学 | | 2437 | 3079 | 2555 |
| 90 | 2070 | Akita University / 秋田大学 | | 2829 | 3062 | 2404 |
| 91 | 2096 | Hamamatsu University School of Medicine / 浜松医科大学 | | 4895 | 1977 | 1989 |
| 92 | 2116 | Oita University / 大分大学 | | 2664 | 3764 | 2416 |
| 93 | 2120 | Sapporo Medical University / 札幌医科大学 | | 3232 | 3981 | 2124 |
| 94 | 2127 | Saitama Medical University / 埼玉医科大学 | | 5058 | 4495 | 1495 |
| 95 | 2155 | Kyoto Institute of Technology / 京都工芸繊維大学 | | 2563 | 2360 | 2844 |
| 96 | 2158 | Ibaraki University / 茨城大学 | | 2825 | 2307 | 2768 |
| 97 | 2162 | Iwate University / 岩手大学 | | 1722 | 4012 | 2958 |
| 98 | 2178 | Aoyama Gakuin University / 青山学院大学 | | 1874 | 2976 | 3136 |
| 99 | 2183 | Kurume University / 久留米大学 | | 4807 | 4008 | 1769 |
| 100 | 2185 | International University of Health and Welfare / 国際医療福祉大学 | | 3609 | 4123 | 2114 |
